Le Genoscope est un centre national de séquençage et de bioinformatiques français situé sur la Génopole d'Évry. Le Genoscope a été créé en 1996 pour participer au projet Génome humain et développer des programmes de génomique en France. Il a ensuite mis le cap vers la génomique environnementale. Il développe des méthodes et des projets pour l’exploration de la biodiversité, en particulier en séquençage massif d’ADN et bio-informatique.
L’ADEME (Agence de l’Environnement et de la Maîtrise de l’Energie) est un Établissement public à caractère industriel et commercial, placé sous la tutelle des ministères en charge de l'Écologie, du Développement durable et de l'Énergie et de l'Enseignement Supérieur et de la Recherche. Cette agence participe à la mise en œuvre des politiques publiques dans les domaines de l'environnement, de l'énergie et du développement durable. Afin de leur permettre de progresser dans leur démarche environnementale, l'Agence met à disposition des entreprises, des collectivités locales, des pouvoirs publics et du grand public, ses capacités d'expertise et de conseil. Elle aide en outre au financement de projets, de la recherche à la mise en œuvre et ce, dans ses domaines d'intervention.
Le Cirad (Centre de coopération internationale en recherche agronomique pour le développement) est un établissement public à caractère industriel et commercial, placé sous la tutelle du ministère de l’Enseignement supérieur et de la Recherche et du ministère des Affaires étrangères et européennes. En partenariat avec les pays du Sud, le Cirad produit et transmet de nouvelles connaissances, pour accompagner leur développement agricole et contribuer au débat sur les grands enjeux mondiaux de l’agronomie. Ses activités relèvent des sciences du vivant, des sciences sociales et des sciences de l’ingénieur appliquées à l’agriculture, à l’alimentation et aux territoires ruraux.
L'institut écologie et environnement (INEE) du CNRS a pour mission de promouvoir et d’animer une recherche fondamentale d’excellence en écologie globale menée par un réseau d’unités de recherche dans les domaines de l’écologie et de l’environnement, incluant la biodiversité et les interactions hommes-milieux. Ces recherches doivent apporter une réponse aux problématiques liées au changement global et à la mondialisation des activités humaines, aux conséquences des actions de l’homme sur l’environnement et à ses effets sur la santé. C’est sur la base de ces connaissances qu’il sera possible de répondre à la demande sociétale en matière d’ingénierie environnementale, d’expertise, d’aide à la remédiation et, plus largement, aux enjeux du développement durable.
L'Institut pour l'environnement et le développement durable (IES) est un institut direction spécialisé du Centre commun de recherche de la Commission européenne, basé à Ispra (Italie). Sa mission est de fournir un appui scientifique et technique aux politiques de l'UE pour la protection de l'environnement contribuant au développement durable.
Le Groupement d’Intérêt Scientifique Sol (GIS Sol) a été créé en France en 2001. Il regroupe le Ministère de l’Agriculture et de la Pêche, le Ministère de l’Environnement et du Développement Durable, l’Institut National de la Recherche Agronomique (INRA), l’Agence de l’Environnement et de la Maîtrise de l’Énergie (ADEME), et l’Institut de recherche pour le développement (IRD). L’objectif du GIS Sol est de constituer et de gérer un système d’information sur les sols de France, par rapport à leur distribution spatiale, leurs propriétés et l’évolution de leurs qualités. Ce système d’information sur les sols devra répondre à échéance réaliste aux besoins régionaux et nationaux, dans le contexte européen.
La Fondation pour la Recherche sur la Biodiversité a été créée en 2008, suite au Grenelle de l'environnement, par les Ministères en charge de la recherche et de l’écologie et créée par 8 établissements publics de recherche (BRGM, CIRAD, CNRS, IFREMER, INRA, IRD, IRSTEA, MNHN). Ces objectifs sont de susciter l’innovation, promouvoir des projets scientifiques en lien avec la société et développer études, synthèses et expertises. À ce jour, plus de 110 structures, associations, entreprises, gestionnaires ou collectivités, ont rejoint la FRB, autour d'un but : relever les défis scientifiques de la biodiversité.