L’objectif de ce mode opératoire est d’extraire l’ADN génomique total à partir de 1 g de sol équivalent sec (lyophilisé) grâce à une lyse mécanique couplée à une lyse chimique. La lyse est mécanique est réalisée par broyage mécanique dans un broyeur en présence de billes et la lyse chimique se fait en présence d’un tampon d’extraction contenant les produits suivants : de l’EDTA qui permet de chélater la majorité des cations bivalents (Mg2+) et cofacteur de nombreuses DNAses; du Tris pH 8,0 qui tamponne la solution, du NaCl qui limite les dénaturations partielles possibles de l'ADN à 70°C et libère de nombreuses interactions ADN - protéines; et le SDS qui facilite la lyse des membranes et la dénaturation des protéines. Pour séparer l'ADN des protéines dénaturées, la déprotéinisation consiste à précipiter les protéines en présence d'une forte concentration en sel. Cette méthode présente deux avantages : les interactions ADN - protéines sont bien détruites et les produits ne sont pas toxiques (contrairement aux solvants organiques, phénol et chloroforme). Les précipités sont séparés par centrifugation à haute vitesse. Le surnageant limpide contient les ADNs. Une précipitation à l’isopropanol et un lavage à l’éthanol permet d’éliminer de récupérer un ADN dit brut c'est-à-dire contenant encore des éléments polluants (protéines, sucres, macromolécules phénoliques, acides humiques…).