32 225 430 bactéries séquencées dans les sols francais
Les échantillons de sol du R.M.Q.S. (Réseau de Mesure de la Qualité des Sols - GIS Sol) sont passés au crible du séquençage massif des gênes taxonomiques bactériens dans le cadre d'un projet France Genomique. Ce projet est le fruit d'une collaboration étroite entre une équipe de l'UMR Agroécologie, la plateforme GenoSol (extraction des ADN microbiens, préparation des banques de séquences taxonomiques) et le GenoScope (séquençage par technologie Roche 454). Sur les 2173 échantillons que comportent le R.M.Q.S. (à raison de 1 prélèvement tous les 16 km sur tout le territoire, Corse comprise) l'ADN de 2132 ont été extraits et les gênes taxonomiques bactériens séquencés dans un temps record : 1 an et demi !! La mesure de la diversité de champignons de 314 de ces échantillons va compléter ce jeu de données considérables.
Les 32 225 430 séquences de haute qualité retenues sont en cours d'analyse. Les résultats vont permettre une meilleure compréhension et connaissance des processus qui gèrent la distribution spatiale des communautés microbiennes. Ils vont également permettre d'améliorer la connaissance des gammes de variations de la diversité microbienne dans les sols français en fonction des types de sol et des modes d'usage de ces sols.
