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Tech Notes

Mise au point d’un protocole de PCR « imbriquée » dédié au multiplexage de produits PCR 16S pour le séquençage massif

L’amplification de marqueurs phylogénétiques d’environnements complexes est le point de départ indispensable pour de nombreuses analyses moléculaires, comme le séquençage massif. Le multiplexage de ces produits PCRs consiste en l’ajout d’une séquence d’identification de quelques bases ou MID (Multiplex Identifier) à leur extrémité. Généralement, l’ajout de ces MIDs se fait sur les oligonucléotides utilisés durant l’étape PCR. Malheureusement, cela entraîne de nombreux effets (amplification préférentielle, sur-ou sous-représentation de communautés, etc…) indésirables. Un protocole de PCR « imbriquée » (ou nested-PCR) a donc été mis en place pour l’ajout de ces MIDs par deux étapes de PCRs successives.
PCR