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Tech Notes

Optimisation de l’étape de lyse mécanique du protocole d’extraction d’ADN des sols

L’extraction d’ADN des sols est une étape critique dans l’étude des communautés microbiennes. Il est indispensable que cette dernière soit la plus efficace en termes de rendement d’ADN extrait, mais aussi de reproductibilité d’une extraction à l’autre. L’optimisation décrite ici se découpe en deux étapes principales : (i) l’évaluation de deux appareils dédiés : le FastPrep-24® et le Mikro-Dismembrator S ; (ii) l’optimisation de la matrice de billes utilisée lors de cette étape de lyse. L’impact de ces différentes optimisations ont été déterminés par : la mesure de la biomasse moléculaire microbienne, des mesures d’abondance par qPCR 16S, et la détermination de la structure des communautés bactériennes par B-ARISA.