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Tech Notes

Impact de la lyophilisation des sols avant extraction d’ADN sur la structure des communautés bactériennes détectée

La lyophilisation est une méthode de séchage rapide (sous vide, à une température en-dessous de 0°C) d’échantillons d’environnements, comme les sols. Cette lyophilisation permet de stabiliser les communautés présentes dans les sols, de faciliter la manipulation des sols et de traiter tous les échantillons de la même manière. Cependant, cette étape peut potentiellement biaiser les résultats obtenus par la suite. L’objectif de ce test consiste donc à déterminer si cette étape de lyophilisation entraîne ou non un impact sur la mesure de la structure des communautés bactériennes par B-ARISA.

Optimisation de l’étape de lyse mécanique du protocole d’extraction d’ADN des sols

L’extraction d’ADN des sols est une étape critique dans l’étude des communautés microbiennes. Il est indispensable que cette dernière soit la plus efficace en termes de rendement d’ADN extrait, mais aussi de reproductibilité d’une extraction à l’autre. L’optimisation décrite ici se découpe en deux étapes principales : (i) l’évaluation de deux appareils dédiés : le FastPrep-24® et le Mikro-Dismembrator S ; (ii) l’optimisation de la matrice de billes utilisée lors de cette étape de lyse. L’impact de ces différentes optimisations ont été déterminés par : la mesure de la biomasse moléculaire microbienne, des mesures d’abondance par qPCR 16S, et la détermination de la structure des communautés bactériennes par B-ARISA.