Exploring the microbial world To better protect our environment

Partenariat

Projets

ANR Agrobiosphère MOSAIC (2012-2015)

L’objectif du projet MOSAIC est d’étudier la dynamique de la matière organique du sol  à l’échelle d’un paysage agricole en intégrant les processus chimiques, physiques et biologiques du sol. Une des originalités de ce projet est d’avoir une approche de cartobiosphère i.e. de prendre ne compte la spatialisation des communautés microbiennes à l’échelle de ce paysage. Les communautés microbiennes seront étudiées d’un point de vue diversité (pyroséquençage des gènes ribosomiques) mais de leur fonctionnalité (capacité de dégradation de la matière organique du sol). Ce projet regroupe des équipes INRA (Rennes UMR SAS, Dijon UMR Agroécologie) de l’Université de Bourgogne (Biogeosciences) et du CNRS (UMR BIOEMCO).

ANR

Projet d'Etat Polynesie Francaise - Effets de pratiques agricoles sur des relations multitrophiques dans les systèmes de productions maraîchères (2011 - 2014)

Ce projet de recherche agro-écologique est présenté par le Département de la Recherche Agronomique du Service du Développement Rural de Polynésie Française en collaboration avec l’UMR Agroécologie et la plateorme GenoSol de l'INRA de Dijon (écologie des communautés microbiennes des sols), l’UMR IGEPP - INRA/Université de Rennes (entomologie, chimie des plantes, lutte biologique) et l’UMR LAE - Université de Lorraine/INRA de Nancy (écophysiologie végétale, phytochimie du métabolisme secondaire).

Il s’inscrit dans le cadre du développement d’une agriculture durable en Polynésie française où il existe une volonté des pouvoirs publics de favoriser le développement d’une agriculture plus respectueuse de l’environnement, notamment par la réduction des intrants (fertilisants et pesticides), afin de réduire la pollution, les risques pour la santé humaine et les impacts négatifs de l’agriculture sur la biodiversité. 

 

Le projet s’intéresse à la fertilité des sols dans les systèmes de culture maraîchère (choux, tomates), son maintien, ses améliorations au travers des pratiques culturales. L’approche pluridisciplinaire nous permet de mesurer les interactions entre les modifications du compartiment souterrain et aérien. L’hypothèse posée est que les pratiques agronomiques vont modifier la diversité des communautés microbiennes dans le sol notamment celles qui interagissent avec la plante au niveau de la rhizosphère. Ces changements de diversité sont accompagnés de modifications d’activité au niveau de la rhizosphère qui peuvent modifier, au niveau des parties aériennes, les relations tritrophiques plante-ravageurs-auxiliaires et donc participer à la protection des plantes. 

 

Deux échelles expérimentales complémentaires sont proposées :  

- à l’échelle de la plante en pot en conditions contrôlées (abris de culture), l’étude s’intéresse aux mécanismes physiologiques des interactions : étude comportementale des insectes et mesure des composés de défense (volatils ou non) induits par les phytophages chez les plantes (dont CVI = composés volatils induits ou HIPV = herbivore-induced plant volatiles).

- à l’échelle de la parcelle sur un suivi longue durée (supérieur à 5 ans),l'étude porte sur les interactions en termes de peuplement et de dynamique des populations de ravageurs et d’auxiliaires. 

 

ANR Agrobiosphère SOFIA (2011-2014)

Le projet « Agrosystèmes et biodiversité fonctionnelle des Sols » (SOFIA) a pour objectif d’évaluer l’impact de pratiques agricoles sur la diversité taxonomique et fonctionnelle des communautés vivantes du sol, et les effets sur des fonctions remplies par ces sols. Ce projet réunit 8 partenaires du monde académique (Universités, INRA) et un partenaire privé (AgroTransfert). Le projet s’appuie sur un site de l’Observatoire en Environnement «Agroécosystèmes, Cycles Biogéochimiques et Biodiversité » situé à Estrées-Mons dans la Somme géré par l’INRA. Cet essai offre une série de traitements expérimentaux faisant varier la rotation culturale (rotation de cultures annuelles et culture pérenne à vocation énergétique), les intrants minéraux (N) et le travail du sol. Ce projet contribuera donc à l’amélioration des indicateurs nécessaires à l’évaluation de l’impact environnemental des pratiques culturales.

 

ANR

CASDAR AgrInnov. (2011-2015)

L’objectif de ce projet est de valider les outils et le mode opératoire de transfert et de formation qui permettront de mettre en fonction un réseau de veille à l’innovation agricole sur le thème : impact des pratiques agronomiques sur la vie biologique des sols. La stratégie employée sera d’identifier au sein des équipes de recherche impliquées dans la biologie et l’écologie des sols, les bioindicateurs existants et rapidement opérationnels pour être appliqués dans un réseau de sites agricoles (géré par l’OFSV : Observatoire Français des Sols Vivants) afin d’évaluer les impacts environnementaux et agronomiques des pratiques agricoles. Les bioindicateurs utilisés cibleront deux composantes biologiques majeures des sols : la faune du sol (UMR EcoBio, Rennes) et les communautés microbiennes (UMR MSE-Plat. GenoSol, INRA Dijon). En parallèle, des indicateurs d’évaluation agronomique simplifiée et de terrain seront aussi mis en place sur le réseau de sites agricoles (ESA-LEVA, IFV, ISARA Lyon, CA 49). Ceci permettra d’interpréter les bioindicateurs de l’état biologique de sols en fonction des résultats des indicateurs agronomiques et plus largement en termes de services agro-écosystémiques.

 

Le réseau de sites agricoles sera constitué en majorité de fermes privées, mais aussi des fermes de collèges, des fermes expérimentales de chambres d’agriculture, des sites expérimentaux de centres de recherche et d’organismes de formation, afin de les valider quant à leur sensibilité et spécificité pour évaluer les impacts des pratiques agricoles et leur durabilité. Ce réseau ciblera plus spécifiquement les grandes cultures et la viticulture et intégrera des situations pédoclimatiques et agricoles contrastées à l’échelle de la France.

 

L’enjeu final est de mettre en place une démarche d’information et de formation sur ces indicateurs afin que les exploitants puissent rapidement se les approprier d’un point de vue technique et qu’ils soient capables de les interpréter. Toutes les actions qui permettent de tester le fonctionnement d’un réseau de veille à l’innovation seront mises en œuvre (choix des outils, modes opératoires, logistique des échantillonnages, logistique de l’information, carrefours de concertation des acteurs). Les livrables du projet seront tout d’abord l’élaboration d’un cahier des charges qui permettra aux agriculteurs d’appliquer et d’interpréter l’impact de leurs pratiques sur la vie biologique de sols et de pouvoir par la même interpréter les résultantes en termes de durabilité de leur système de production.

Programme BioIndicateurs - ADEME (2009 - 2012)

Les objectifs généraux du programme BioIndicateurs de l'ADEME sont de fournir aux secteurs économiques et aux acteurs publics de nouveaux outils de surveillance, de caractérisation et d'évaluation des risques basés sur les propriétés biologiques du sol.


L'ADEME étant notamment missionnée sur la prévention de la pollution des sols, la gestion des sites et sols pollués et l'évaluation des impacts environnementaux liés aux retombées atmosphériques et à la gestion biologique des déchets, elle souhaite promouvoir le développement de bioindicateurs destinés à :
(a) la surveillance de la qualité des sols pour laquelle des bioindicateurs simples à mesurer, peu chers et répétables sont nécessaires.
(b) la caractérisation approfondie de l'état biologique des sols pour laquelle des techniques plus complexes pourront être mises en oeœuvre. 
(c) l'évaluation détaillée des risques pour les écosystèmes sur les sites pollués pour laquelle une méthodologie plus complète est nécessaire notamment afin de relier les effets observés à des niveaux d'exposition. 

 

Le programme a été séquencé en 2 phases : une première phase de développement et une seconde de validation des indicateurs.
- La première phase, initiée suite à l'appel à projets lancé en 2004 (présenté pour information en CNA le 22 juin 2004, annexe I), a pris fin en 2008. L'objectif spécifique de cette phase était d'évaluer différents bioindicateurs existants et de favoriser l'émergence de nouveau bioindicateurs. Ainsi, cette première phase a réunit 37 équipes, impliquées dans 19 projets (6 projets retenus dans le cadre de l'appel à projets 2004, 5 thèses cofinancées par l'ADEME et 8 projets rattachés par la suite1) (annexe II). Plus de 80 indicateurs biologiques ont été évalués (de l'état cellulaire jusqu'aux populations), sur des végétaux, des animaux et des microorganismes.
- La seconde phase, démarrée en 2009, a pour objectif de tester un ensemble de bioindicateurs jugés les plus pertinents et les plus opérationnels sur un nombre défini de sites ateliers, choisis en fonction des thématiques couvertes par l'ADEME (ex : épandage de déchets, sites contaminés, retombées atmosphériques, gestion de la matière organique, pollution diffuse des sols par les pratiques agricoles).

 

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